中药归经理论最早论述见于《黄帝内经》,提出药物的五味对机体脏腑有选择性,如《素问·宣明五气篇》曰:“五味所入,酸入肝,辛人肺,苦入心,咸入肾,甘人脾,是谓五人”。另一方面,还说明五色合五味对机体不同部位有选择性,如《素问·五藏生成篇》曰:“色味当五藏,白当肺、辛,赤当心、苦,青当肝、酸,黄当脾、甘,黑当肾、咸”。
张仲景《伤寒杂病论》中的脏腑辨证、六经辨证和分经用药理论,对中药归经理论的形成产生了深远的影响。后世出现的六经用药归经方法,如麻黄、桂枝为太阳经药;知母、石膏为阳明经药;附子、细辛为少阴经药等都始于此,这为中药归经理论的形成奠定了坚实的临床基础。
至北宋,已有医家开始注意到中药治疗疾病具有一定的定位、定向性,某些中药只能对某一特定的脏腑病症产生治疗作用。如《本草衍义》论泽泻:“张仲景八味丸用之者,亦不过引接桂附等归就肾经,别无他意”。这为较早的带“归……经”概念的论述。《苏沈良方·论脏腑》亦载有:“某物入肝,某物入胃”、“人之饮食药饵,但自咽入肠胃,何尝至五脏?凡入肌骨、五脏、肠胃虽各别,其入腹物,英精之气,皆能洞达,但滓秽即入二肠”。阐述了药物之精微之物无处不到，无所不及,同时也认识到药食之气对脏腑具有选择性治疗作用。至金元时期,张元素在其所著的《珍珠囊药性赋》和《医学启源》中,对中药归经理论进行了系统整理研究。在临证时,他非常重视分部、分经用药,如《医学启源》中载:“各经引用”药,专列“去脏腑之火”章节。其后李东垣、王好古等医家继承和发展了张氏学说,如《汤液本草》论述中药药性时用经名“太阳”、“少阳”等以定位药物作用的脏腑经络。说明这一时期以张元素为首的医家通过临床实践经验总结,已经创立了系统的中药归经理论。
明代医药学家尽管仍未明确提出“归经”一词,但在论述药物的药性时多遵循张元素的归经理论,且有所发展。刘文泰的《本草品汇精要》列出了部分药物的归经,如卷十二草部中品之下肉豆蔻中“行:手阳明经”。李时珍的《本草纲目》中在讨论药性时,均标明有归经内容,如“麻黄乃肺经专药,故治肺病多用之”(卷十五·麻黄条);“葫芦巴,右肾命门药也,元阳不足,冷气潜伏,不能归元者宜之”(卷十五·葫芦条)等。药之有性,功效各异,以经归释之,详明药理,用于临床,可收纲举目张之效。并且列举了各经的引经药:手少阴心经为黄连、细辛;手太阳小肠经为藁本、黄柏;足少阴肾经为独活、枝、知母、细辛;足太阳膀胱经为羌活;手太阴肺经为桔梗、升麻、葱白、白芷;手阳明大肠经为白芷、升麻、石膏;足太阴脾经为升麻、苍术、葛根、白芍；足阳明胃经为白芷、升麻、石膏、葛根;手厥阴心包经为柴胡、牡丹皮;手少阳三焦经为连翘、柴胡、地骨皮、青皮、附子;足厥阴肝经为青皮、吴茱萸、川芎、柴胡;足少阳胆经为柴胡、青皮至清代沈金鳌《要药分剂》中正式提出“归经”一词,将历代本草中论及归经的内容统一列于“归经”一项之下,并采用五脏六腑之名定位归经内容。《松崖医径》、《务中药性》系统总结了十二经归经药;《本草分经》《得配本草》则将奇经八脉纳入归经范畴。清代温病学派创立了卫气营血辨证和三焦辨证理论体系,随之出现了以卫气营血、三焦用药的归经方法,如金银花、连翘、薄荷为卫分药;石膏、知母为气分药;生地黄、牡丹皮为血分药;黄芩主清上焦,黄连主清中焦,黄柏主清下焦等。这些归经、用药方法丰富和发展了中药归经理论。