阴囊上有小肉粒不痛不痒的病因可能是传染性软疣、人乳头状瘤病毒等，可采取以下对应的方法进行处理。
1、传染性软疣：小肉粒初起为数目不定的白色、半球形丘疹，一般不痛不痒，挑破后可挤出白色乳酪样物质。治疗主要是外用酞丁安乳膏等涂抹，也可直接刮除或是冷冻治疗。
2、乳头状瘤病毒：小肉粒的形态上为乳头瘤状、菜花状、颗粒状、鸡冠状等。治疗用药包括维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏，也可配合更昔洛韦胶囊等进行治疗。必要时可考虑激光、微波、冷冻、电灼、手术切除等。
平时可穿宽松的棉质内裤，避免穿过紧且不透气的内裤；洗澡时，避免刻意揉搓患处，以免加重病情。