孕妇在做孕检的时候都要做衣原体和支原体检查，以确保衣原体和支原体不会危及胎儿，可见衣原体和支原体对胎儿的影响。非淋菌性尿道炎的主要病原体是沙眼衣原体和解脲支原体，这两种微生物对女性生殖健康危害很大，对胎儿也有很大的威胁。
沙眼衣原体附着在生殖道中，引起生殖道感染，解脲支原体附着在泌尿生殖系统黏膜上皮细胞上，从细胞中吸取养分，并释放毒素，造成细胞死亡，导致尿道发生炎症病变。解脲支原体对女性对危害非常大，主要表现在以下几方面：1.女性泌尿生殖系统炎症多数是解脲支原体引起的。2.解脲支原体感染与女性不孕症之间有密切的关系。3.危害胎儿健康甚至导致早产，流产或者死胎。4.导致宫外孕。
基于衣原体和支原体对孕妇和胎儿对危害，孕妇有必要定期进行检查，如果怀孕期间患上非淋菌性尿道炎，需要进行进一步检查，以确定衣原体和支原体是否威胁到了胎儿，如果已经对胎儿造成了危害最好终止妊娠，如果还没有危害到胎儿，就可以进行药物治疗，一般用红霉素等，罗红霉素虽然效果较好，但是副作用较大，最好不要使用。新生儿在出生后即以红霉素或四环素眼膏点眼。
总之，怀孕后感染了非淋菌性尿道炎需要引起足够的重视，要积极治疗，以免危害到胎儿的健康，非淋菌性尿道炎也不是疑难杂症，经过一周或两周的正规治疗很快就能痊愈。不过还需要定期检查。另外，怀孕期间如果丈夫感染了非淋菌性尿道炎，也要做好防护措施，丈夫在积极治疗的同时，衣物用具单独存放并及时消毒，夫妻之间不要有性器官上的接触，以免孕妇感染。