一中医学的整体观与微生态学的生物与内外环境统一论。
整体观是中医学的核心观点，这种天人合一的整体观念与现代微生态学的生物与环境统一论极其相似。
二中医学的阴阳学说与微生态的平衡与失调理论。
阴阳学说是中医学的组成部分，若阴阳失调就会引起各种疾病。而微生态学中的平衡与失调理论是微生态学中的核心问题，机体内微生态系统是正常微生物群与宿主和环境相互依赖、相互作用的统一有机整体，一旦微生态失调，就会导致疾病，这种微生态平衡与微生态失调是可逆的，而转化的条件是环境。由此可见中医的阴阳学说与微生态平衡与失调理论极其相似。
三中医的脏象学说与微生态学的微生态系统论。
中医的脏象学说是研究脏腑生理功能和病理变化，以及脏腑与机体各器官、外界环境的关系的学说。现知人体各系统器官栖居着大量正常微生物，形成庞大的微生态系统，这些微生物在人体的消化吸收、免疫、拮抗等方面发挥着重要的生理功能，保护着机体的健康。一旦菌群紊乱，就会导致栖居的器官发生病理改变，出现外在的临床表现，如舌部的上、下、左、右“生态位”的不同，栖居的正常菌群也不同，因此所形成的舌象颜色各异，当舌部发生菌群改变时舌象也发生改变，所以检查舌象即可知晓是否发生了菌群失调所导致的疾病。由此可见中医的脏象学说与微生态学的微生态系统理论具有相似之处。
四中医学的调整阴阳扶正祛邪理论与微生态学的微生态调节理论极相似。
从以上看出两者在原理上具有统一性，存在着某些共同的规律。
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