人在自然界中不但有看得见的大环境，还存在一个肉眼看不见的微环境。微生物与人之间组成了一个相互依赖、相互制约的关系，这种生态关系就是微生态。人从一出生就开始处于微生物的包围之中，凡与外界接触或相通部位如皮肤、口腔、呼吸道、消化道、阴道等都有微生物存在，它们与人体存在着依赖、共生、拮抗等复杂的相生、相克关系。人体的微生物分为有益菌和有害菌两大类，有益菌占总数的90%以上，有益菌的主体是双歧杆菌、乳酸杆菌、肠球菌等。
《内经》曰“阴平阳秘，精神乃治”，“谨察阴阳所在而调之，以平为期”。中医阴阳学说强调人体的整体性，对立统一性，同时又是相互制约，双方处于一种动态平衡的状态。最佳状态时有益菌占优势，结构合理、功能协调，这就是微生态平衡。如果这种平衡失调，人体就产生各种病理状态，用微生态制剂培菲康补充有益菌，改变肠道的微生态条件，恢复平衡，这就是“谨察阴阳所在而调之，以平为期”。
中医认为正邪的消长盛衰决定着疾病的发生、发展和转归，因此在治病上有一个基本原则就是扶正祛邪。微生态失调，一是菌群失调，有益菌数量和密度下降，菌膜屏障作用被削弱。二是菌群易位，引起微生物种群之间斗争。三是外籍菌入侵。故按“扶正祛邪”理论，提出矫正生态失调，保持微生态平衡，间接排除病原体的微生态调整观念，用培菲康胶囊治疗菌群失调引起的腹泻有效，就是补充有益菌起到了“扶正”作用。
中医提出“脾为后天之本，气血生化之源”，“脾主运化”，这与微生态平衡有着密切的内在联系，如肠胃道有益菌群产生的酶对碳水化物、蛋白质、脂类的消化起着重要作用。小肠菌群失调时，木糖吸收率降低，80%以上脾虚证木糖吸收率也下降。有人发现健脾颗粒对脾虚小鼠肠道菌群有显着的调整作用，使已降低的双歧杆菌、乳酸杆菌恢复到正常水平，而使脾虚时已升高的大肠杆菌、肠球菌等数量减少。由此可见调补脾胃与调整微生态平衡是密切相关的。
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