中药与西药不同，西药一般都是单体化合物，在肠道内吸收一般与肠道细菌并没有多大关系。
中药则不然，成分复杂，有机物多，有许多成分会在肠道内受到微生物的作用。例如苷类物质，常为中药所含的活性成分，如人参中的人参皂苷，黄芪中的黄芪甲苷，大黄的有效泻下成分大黄蒽苷，龙胆或秦艽中所含龙胆苦苷等，但这些苷类化合物由于分子量大，亲水性高，是不易被肠道吸收的，它们必须在肠道内被微生物水解成苷元，苷元才是被肠道吸收起药效作用的物质。
为什么中药对于有些人有效，对有些人疗效不好，往往有较大的差异，除体质因素之外，每个人肠道微生态菌群的差异也是重要因素，笼统而言就是与脾胃功能有关。故善补者，必先调理脾胃。试想，如果吃了人参、黄芪，而人参皂苷不能转化为苷元，黄芪分解不出黄芪甲苷元，则起不到滋补作用。不仅滋补药如此，其他药也有类似情况，服用大黄，常发现有耐受现象。开始很有效，以后必须增多剂量，否则逐渐失去泻下作用，为什么？
近年来的研究认为，主要是因为大黄抑制了肠道菌群的生长繁殖，因而没有足够的细胞把蒽苷分解为苷元了，而直接起泻下作用的是苷元——大黄酸而不是蒽苷，所以泻下作用就减弱了。龙胆苦苷，过去认为是秦艽、龙胆抗炎、保肝作用的主要有效成分。但近年来研究发现，其抗炎作用的强度与血中龙胆碱、龙胆醛的含量呈正相关，而不是同苦苷本身呈正相关，而龙胆碱、龙胆醛，是龙胆苦苷分解出的苷元的代谢物。以上种种事实说明，中药中的成分并不一定就是中药中真正起作用的成分。这是近年来发展起来的中药血清药理学的主要理论基础。也说明了肠道中微生态与用药作用的密切关系。
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