跑完步腰部两侧疼痛，可能由于跑步时间过长，运动量过大，运动过程中运动方式不当导致腰肌劳损、韧带拉伤引起疼痛；也可能是腰部本身有疾病，如腰椎间盘突出压迫神经、久坐姿势不当导致肌筋膜炎引起疼痛。不同的疾病，处理方式有所不同。
如果是腰肌劳损、韧带拉伤导致腰两侧疼痛，建议减少运动量，腰部适当活动，局部可以采取按摩、热敷、理疗等方式缓解疼痛，可以选择口服或外服活血化瘀药物如活血止痛胶囊等加快恢复，疼痛严重时可以常用如依托考昔片等镇痛药止疼。
如果是腰部肌筋膜炎，属于无菌性炎症，建议避免久坐和长时间弯腰，可采取局部热敷，必要时应用非甾体类消炎药如布洛芬等镇痛抗炎。
如果是腰椎间盘突出压迫神经引起疼痛，建议到医院完善CT、磁共振等相关检查，明确病变部位及程度，可先选择应用药物保守治疗，如布洛芬等止痛药，必要时行手术治疗。