发烧时疼痛的原因如下：
1、当发烧时，体内前列腺素的分泌增加，前列腺素不仅会导致发烧，而且还会引起炎症反应和疼痛，它不仅能促进炎症，而且还能提高身体对疼痛的敏感性，并能增强对组胺、缓激肽和其他疼痛物质的反应，从而引起四肢关节和肌肉的疼痛。
2、可能与乳酸、组胺、肌肉、关节等软组织受体有关，对物理和化学刺激非常敏感。发热和缺氧可增加肌肉中的乳酸和组胺，低氧和钙缺乏也可引起肌肉的强直和收缩，直接引起关节和肌肉疼痛。当人体发热时，骨骼肌代谢异常，如组胺乳酸等骨骼肌代谢异常产物增多，大量的乳酸、组胺在肌肉中积聚会导致全身酸痛。