所有的抗癫痫药物都可能产生不良反应，最常见的不良反应包括对中枢神经系统的影响（镇静、思睡、头晕、共济失调、认知、记忆等）、对全身多系统的影响（血液系统、消化系统、体重改变、生育问题、骨骼健康等）和特异体质反应（皮肤损坏、严重的肝毒性等）。癫痫妇女在孕期服用抗癫痫药物也可能引起后代畸形。
约有30%~40%的癫痫患者存在认知功能方面的损害，是影响生活治疗的重要因素。导致孩子认知发育落后的主要原因有：1、引起癫痫的原发疾病的影响；2、反复癫痫发作对脑功能造成一定影响；3、药物作用对认知的影响。一般来说，安定类、巴比妥类药物会一定程度上影响孩子的认知，但现在的一些新药很少会对孩子的认知有影响。一般认为，癫痫发作频率越高，持续时间越长对认知的影响也越大；发病年龄早，是认知功能预后不良的重要因素之一，所以癫痫患儿的治疗，应积极治疗原发病；对于频繁发作的患儿，应尽早控制发作；在选药时应尽量选择对认知影响小的药物。
多数抗癫痫药物对孩子的生长发育没有明显影响，但有极少数孩子可能会出现体重增高/降低、肝功能损害等情况，需要在医生的指导下用药。首先需要诊断正确，避免非癫痫发作而使用抗癫痫药物；其次癫痫发作类型、癫痫综合症的正确判断，也可以对药物的恰当选择起到指导作用，避免因药物选择不当而反复调整用药或联合用药；对于儿童癫痫患者，应根据患儿体重按公斤体重计算每日给药量，从小剂量开始服用，服药过程中密切监测药物不良反应，定期查肝功能、血常规等，尤其注意丙戊酸在年龄小于2岁或有遗传代谢病的儿童发生肝损害的危险性增加；在用药过程中，如果出现剂量相关的不良反应（如头晕、嗜睡、疲劳、共济失调等）可暂时停止增加剂量或酌情减少当前用量，如所选抗癫痫药物对患儿认知功能产生严重影响，应权衡利弊、必要时可更换药物。