遵仲景制方之义，临床可用于治疗虚寒性腹痛、心悸、虚劳及营卫不和诸证。
陈大启老师在临床上经常运用此方治疗多种原因所致之胃肠功能紊乱以及痛经，月经愆期，虚人外感等均获显效。小建中汤今用：桂枝10g，白芍20g，炙甘草6g，大枣4枚，生姜3片(约10g)，水煎分2次温服，每剂药用饴糖1两(50g)，分2次用热药液溶化之，如无饴糖可以市售红糖代之，用量及服法同前。
腹痛、腹泻(胃肠功能紊乱)
腹痛、泄泻有寒热虚实之不同，若系中焦虚
寒，运用本方有温中止痛之功，尤对久泄久痛属脾土虚寒，或虚劳日久，化源不足，气血虚弱，阴阳相乖之证，用之皆效。
王某，女，34岁。脘腹胀痛2年，时作时休，纳呆食少，倦怠乏力，畏寒肢冷，心悸气短，健忘失眠，大便溏泻。几经西医检查，未见器质性病变，诊为自主神经功能紊乱，患者迭经中西药治疗乏效，面色淡黄无华，舌淡苔白，脉沉细。
此乃中土虚寒，脾虚失运，日久生化无权，气血两虚，心神失养，其本在中州，治以温建中气，以资化源。经服小建中汤7剂后，腹胀痛痊，余症皆减，又进5剂后，大便成形，自感体力增强，夜寐好转，连服廿余剂后，诸症皆除。
杨某，女，34岁。患肠结核，已连服西药抗结核药半年余，仍经常腹痛、腹胀，时重时轻，午后为甚，纳食乏味，身倦无力，肢冷畏寒，时有手足心热，口燥咽干，心烦心悸，大便时干时溏，舌胖淡，苔薄白，脉细弦。此系虚劳日久，中气不足，阴阳失调，寒热错杂之证。治应建中气以协阴阳，调寒热。服小建中汤5剂后证缓，10剂后痛胀大减，又进10剂，诸症基本消失，仍继用抗结核药治疗。以后患者每于寒温失调或饮食不慎而出现腹痛腹胀时，仍以小建中汤为治，服之即效。