牙最里面的肉肿起来是否能够自愈，要看是什么原因导致的。
如果是上火导致的，大多数可以自愈。患者平时可以多喝水，多吃新鲜的蔬菜、水果，或者在医生指导下使用牛黄解毒片、玉叶清火片等药物治疗，一般3-5天可以痊愈。
如果是口腔的卫生环境差，或者口腔存在细菌感染等，导致牙结石、牙龈炎等牙周疾病，或者是长智齿后导致的智齿冠周炎，一般比较难以自愈。
所以牙肉肿起来后要及时去医院就诊，对症治疗。牙结石可以用洁治术等清除牙石，控制菌斑；牙龈炎可以使用甲硝唑、阿莫西林等消炎药物治疗；智齿冠周炎可以拔除智齿，经过治疗后一般会有所好转。