妊娠期不宜选用的抗菌药物为可以透过胎盘屏障，对胎儿造成影响的药物，种类有很多，常见的有几下几种：
1、 磺胺类：如磺胺嘧啶，该类药物可以通过胎盘屏障进入胎儿体内，与胆红素竞争血浆蛋白结合部位,使血浆游离胆红素升高，透过血脑屏障，影响胎儿脑的发育，或导致新生儿黄疸。
2、四环素类：如四环素，可致胎儿形成四环素牙、四肢发育畸形、先天性白内障等。。
3、氯霉素类：如氯霉素，可通过胎盘在胎儿体内蓄积，导致新生儿血液循环障碍、呼吸功能不全等，
4、抗真菌药 ：如两性霉素、灰黄霉素等，可能导致流产。
5、抗结核药物：如利福平，可致胎儿畸形。
妊娠期不宜选用的抗菌药物有很多，具体用药，需要在医生指导下进行。