理论上来讲，单独依靠癌胚抗原检测，无法确认任何一种癌症的存在。由于癌胚抗原的独特性质，在临床上它大多作为一种标志物存在，用于大面积筛选诱发癌症的可能性。在实际应用中，疑似患有癌症的患者，首先需要经过癌胚抗原检查，确定指数大幅度升高后，根据具体症状、既往疾病史完善影像学检查，定向筛选。癌胚抗原是广谱标志物，对多种癌症都具有较高的敏感度，尤其是针对于中后期的癌症患者，检测结果中呈阳性的可能性在40%~90%之间。近年来结合CA 242技术，癌胚抗原检测对癌症的敏感度又上升了一个层次。
从数据上看，癌胚抗原可以对胰腺癌、乳腺癌、胃癌、大肠癌、肝癌、甲状腺髓样癌、卵巢癌、肺癌、泌尿系肿瘤等疾病进行筛查。在临床检测时，癌胚抗原指数超过标准值三倍以上，考虑有肿瘤细胞存在的可能性。有经验的医生会根据患者具体症状进行精准的筛选，比如，患者表现为腹痛、腹泻、恶心、反胃、便血症状，通常会针对消化道进行筛查，完善B超检查等。若患者表现为附件炎、妇科炎症、小腹疼痛、月经不调、阴道出血症状时，考虑为妇科肿瘤的可能性更大，常见卵巢癌、子宫内膜癌等。在完善基础检测的同时，通常需配合经阴彩超检查。若患者表现为乳房疼痛、有乳核滋生，考虑乳腺癌的可能性较大。若患者表现为肝区疼痛、消化不良、胃痛、胀满、脂肪泻等症状，考虑肝癌的可能性较大，需根据具体症状完善x光检测，必要时需要穿刺活检。
总而言之，癌胚抗原检查是一种推测癌细胞存在与否的检测方式，无法单独确诊任何一种癌症。但通过其他检测项目结合，可作为常规癌症的筛选项目，对辅助确诊癌症可提供有利的数据支持。