阴茎长度不足3厘米，称之为阴茎短小。阴茎短小一般伴有或没有阴囊，睾丸比较小，前列腺也比正常人的要小。阴茎短小患者如果性腺功能异常，睾丸睾酮分泌不足，会引起生精功能障碍，导致精子存活率下降。隐睾患者精子生成障碍也会影响精液质量。阴茎短小患者可以通过治疗得到改善。
小阴茎的病因
1、促性腺激素分泌不足性腺功能减退。
2、出现性腺激素分泌过多，性腺功能减退。
3、原发性的小阴茎，对于促性腺激素分泌不足的性腺功能减退，一般有异位性脑组织结构的异常，无脑畸形患儿，无下丘脑分泌功能，即使脑垂体发育正常。由于没有促性腺激素释放激素会使睾酮分泌减少，造成小阴茎。
4、另外先天性的脑垂体不发育也可以造成性激素缺乏而引起小阴茎，促性腺激素分泌过多导致性腺功能减退，这类病人下丘脑和垂体分泌功能正常。只是在妊娠后期睾丸出现退行性性变致睾酮分泌减少，通过反馈途径而导致出现激素分泌过多。
5、另外原发性的小阴茎是指除了上述原因外，有一小部分的病人下丘脑垂体和睾丸的激素分泌正常伴有小阴茎的畸形，推测有可能是胚胎后期促性腺激素刺激延迟，一过性的睾酮分泌下降的原因导致的，另外一些性染色体的异常都会造成小阴茎。