西医对小儿厌食症的治疗主要以消化酶类、维生素类、微量元素的补充来满足机体对能量物质的需求。目前，比较一致地认为微量元素的缺乏可引起厌食症，故多采用锌剂治疗含锌量低的厌食症，而对含锌量正常的厌食症患儿暂无特异性治疗。况且锌剂只能改善症状，不能解决根本问题，长期使用锌剂会出现一些不良反应。单纯补锌也会影响铜、钙、铁的吸收，造成机体内部各微量元素不平衡。
中医治疗本病的方法很多，有中药辨证治疗、专方专药治疗、针炙推拿治疗、外治贴敷治疗。
中医辨证治疗认为本病分四种证型：脾失健运型，胃阴不足型，脾胃气虚型，脾虚肝旺型。四种证型在症状方面有所侧重，要由有专业知识的中医生辨证施治。运用中医的治疗手法，如针刺四缝穴，捏脊治疗，穴位注射或敷贴穴位等，均能取得较好的疗效。