宋元时期，由于科学技术的发展，制酒事业也有所发展，朱翼中在政和年间撰著了《酒经》，又名《北山酒经》，它是继北魏《齐民要术》后一部关于制曲和酿酒的专著。该书上卷是论酒，中卷论曲，下卷论酿酒之法，可见当时对制曲原料的处理和操作技术都有了新的进步。“煮酒”一节谈加热杀菌以存酒液的方法，比欧洲要早数百年，为我国首创。
此时，由于雕版印刷的发明，加上政府对医学事业的重视，使当时中医临床和理论得到了发展。因此，对药酒的功效，也渐渐从临床上升到理论。如《太平圣惠方·药酒序》认为“夫酒者，谷蘖之精，和养神气，性惟傈悍，功甚变通，能宣利胃肠，善导引药势”。《圣济总录·治法·汤醴》认为“邪之伤人有浅深，药之攻邪有轻重，病之始起，当以汤液治其微。病既日久，乃以醪醴攻其甚。又有形数惊恐，经络不通，病生于不仁者，酒以醪药，以此见受邪既深，经脉闭滞，非醪药散发邪气，宜通血脉，安能必愈……酒性酷热，立行药势，所以病人素有血虚气滞，陈寒痼冷，偏枯不随，拘挛痹厥之类，悉宜常服，皆取其渐渍之力也。又古法服药，多以酒者，非特宣通血气而已，亦以养阳也”。药酒的治病范围也相对集中，朝保健养身方面发展，如“治一切风通用浸酒药二十二道”，“治风腰脚疼痛通用浸酒药十四道。”另在药酒专门方中，出现了较多的养身延年，美容保健方剂。当时，以药材制曲的风气已开始盛行，单在《北山酒经》中就记载了十三种药曲。如香桂曲，配用了木香、官桂、防风、杏仁等药品。瑶泉曲，配用了防风、白附子、槟榔、胡椒、桂花、丁香、人参、天南星、茯苓、香白芷、川芎、肉豆蔻等药物。并认为做药酒以东阳酒最佳，“用制诸药良”，其酒自古擅名，清香远达，色复金色，饮之至醉，不头痛，不口干，不作泻，其水称之重于他水，邻邑所造俱不然，皆水土之美也。李时珍解说：东阳酒即金华酒，古兰陵也，李太白诗所谓：“兰陵美酒郁金香。”即此，常饮人药俱良。
随着酿酒工艺的不断发展和提高，有些药酒不但具有强身保健，治疗疾病的优点，而且口味醇正，成为风行一时的名酒，并成为宫廷御酒。元代建都于北京，是当时世界各国最繁华的都城。国内各地和欧亚各国的商客川流不息，国内外名酒荟萃，更成为元代宫廷的特色。羌族的枸杞酒、地黄酒；大漠南北各地的鹿角酒、羊羔酒；东北各族的松节酒、松根酒、虎骨酒；南方的五加皮酒、茯苓酒；西南的乌鸡酒、腽肭脐酒等等均为当时流行之名酒。明代宫廷则建有御酒房，专造各种名酒，尚有“御制药酒五味汤、真珠红、长春酒”。如当时名噪金殿的“满殿香”就有白术、白檀香、缩砂仁、藿香、甘草、木香、丁香等各种药物，合白面、糯米粉等酿制而成。当时，民间作坊也有不少药酒制作出售，如薏苡酒、羊羔酒。另有一些人们自酿自饮的酒，如正月的椒柘酒，端午的菖蒲酒，中秋桂花酒，重阳的菊花酒，都成为人们常酿的传统节令酒类，其中有不少就是药酒。
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