舌根两侧长菜花肉疙瘩最常见是口腔疣、舌乳头增生等，需对症治疗。
1、口腔疣：口腔疣大多由于感染人乳头瘤病毒所导致，常出现在性活跃的中青年男性群体中，主要通过口交进行传播。患者发病后会在舌下系带、舌两侧、咽喉等处出现菜花状的隆起，边界清晰，数目由1到10处不等。患者发现舌根两侧长菜花肉疙瘩后，应及早前往医院就医，通过氟尿嘧啶软膏等药物、激光等物理治疗等方式及时治疗，以免病情继续发展。
2、舌乳头增生：舌乳头增生多由慢性炎症长期刺激所引起，可导致舌根两侧的部位出现许多微小的乳头状突起。患者应多饮水，避免吃刺激性食物，可遵医嘱服用阿莫西林等消炎药，能帮助改善症状。
3、其他可能性：比如舌轮廓乳头、舌扁桃体等，也可能会导致舌根两侧长菜花肉疙瘩，舌轮廓乳头与舌扁桃体是一种正常的生理现象，如果无发炎或其他病变，一般不需要特殊治疗。