卵巢巧克力囊肿一般是良性的。
卵巢巧克力囊肿，在医学上又称为子宫内膜异位囊肿，是育龄期妇女比较常见的一种疾病，卵巢巧克力囊肿通常不会发生恶变。其主要是由于月经期脱落的子宫内膜碎片经输卵管逆流至盆腔卵巢周围，并且种植存活，这些异位种植存活的子宫内膜碎片也会随着月经周期增生、出血，被周围的组织包裹，形成一个囊性包块，囊壁为纤维化组织，囊壁上有少许子宫内膜组织，陈旧性血液聚集在囊内形成咖啡色黏稠液体，似巧克力样，俗称“卵巢巧克力囊肿”。
卵巢巧克力囊肿的治疗有不同的策略，主要包括观察随访、药物治疗及手术治疗。除根治性手术（将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除）外，其他治疗方案仍然有较高的复发率。其最常见的并发症是不孕，若患者有生育要求，可以考虑通过辅助生殖技术帮助怀孕。