宫颈纳氏囊肿的患者，绝大多数的情况是一种生理性的变化，不需要任何治疗的，只有出现了明显症状的患者才需要治疗。
宫颈纳氏囊肿绝大多数情况下是子宫颈的生理变化，是子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物受阻，形成囊肿。多数情况下无需特殊治疗。个别因为宫颈损伤或宫颈慢性炎症使腺管口狭窄阻塞形成宫颈纳氏囊肿，并不能代表有什么严重的问题，也无需特殊处理，患者需要定期到医院复查，尤其是进行宫颈癌筛查即可。
对于较小的表浅囊肿，若患者有需求，可采取物理治疗，如激光、微波、冷冻等。对于宫颈腺囊肿巨大或自我感觉症状明显的患者，可采取手术治疗，如宫颈腺囊肿造口术、宫腔镜下电切术等。