首先比较常见的原因是因为小孩存在一些气道高反应的现象，很有可能存在咳嗽变异性的哮喘。在夜间凌晨的时候，孩子的迷走神经容易发生一些兴奋的现象，导致支气管平滑肌的痉挛，这个时候就会引发支气管发生收缩的现象，就会导致咳嗽的现象出现。
需要带孩子去医院检查一下支气管舒张实验或者支气管激发实验，一般是可以确诊的。如果确实是因为咳嗽变异的哮喘或者是哮喘所导致的凌晨咳嗽的现象，需要给孩子长期的应用一些抗哮喘的药物来进行缓解，效果才是比较好的。
另外还应该去医院检查一下过敏源，避免接触过敏源，也可以减少哮喘的发作。另外，平时还应该注意带孩子适当的进行一些体育锻炼，增强体质，避免感冒的情况发生。