咳嗽几天后发烧一般是细菌、病毒等病原体进一步侵袭呼吸道，同时身体做出了免疫应答导致的，常见疾病可能是肺炎、扁桃体发炎等。
由于病原体侵袭肺部，可引刺激肺部发生炎症反应而产生代谢产物，代谢产物就是自热源，就会导致体温升高，患者常表现发烧、咳嗽等症状。需遵医嘱使用抗生素进行治疗，常见的药物有阿奇霉素、左氧氟沙星、头孢唑林等。
扁桃体发炎是由于病原体感染扁桃腺所致的，细菌毒素释放入血或细菌侵入血液，可造成体温升高，患者主要表现为咳嗽、高热、咽部疼痛等症状。治疗上常使用退热镇痛的药物以及抗感染的药物，常见的药物有布洛芬、阿莫西林克拉维酸钾等。