首先，三九胃泰和香砂养胃丸的成分不同，三九胃泰主要由三丫苦、九里香、两面针、云岭、牡丹、广木香、生地、丹参等天然纯中药组成。香砂养胃丸是一种中成药，主要成分为白术、西洋参、党参、干姜、黄精、山药、山楂、五味子、玄参等。
因此，三九胃泰和香砂养胃丸的效果是不同的。三九胃泰对胃酸、胃胀、胃痛有一定作用，主要用于上腹痛、反酸、恶心、呕吐、消化不良、厌食症、心噪声感、萎缩性胃炎、糜烂性胃炎、浅表性胃炎等慢性胃炎患者。主要功能有清热解湿、消炎止痛、调理气胀、滋补胃肠等。香砂养胃丸主要具有滋阴养胃、调理中焦、消气、益根、治舌干、苦味、厌食症、消瘦等作用，具有抑菌、抗炎、镇痛、促进胃酸分泌等作用。香砂养胃丸主要针对老年胃病患者，三九胃泰主要是治疗阳胃舒为主的滋补。