肠道菌群失调首先要查明原因，在临床上最常见的是长期应用抗生素以后，出现肠道菌群失调，最主要的治疗首先要停止诱因，把抗生素停掉。除此之外，患者在饮食上要注意多喝酸奶，尤其是常温的酸奶，这一类可以调节肠道菌群的食物。可以口服药物治疗，但是疗程都会比较长。一天三次，餐前、餐后是不限制的，吃到大约一个月左右，患者肠道菌群失调的症状可能就会有所明显的改善。
肠道菌群失调一般要多久才能恢复
1、肠道菌群一般需要一段时间的调整，至少需要一周以上的时间，疗程多为半个月到一个月左右，主要是补充益生菌，配合饮食调整。
2、通常以益生菌等调整肠道菌群失调的药物为主，可以促进肠功能的恢复和食物的消化。也可以吃酸奶，有利于肠道的正常菌群调节。经过保守治疗之后，恢复较好的情况，大概一个月内就可以恢复。如果恢复较慢，可能要半年时间的肠胃调理。
肠道菌群失调的症状
1、肠道菌群失调的症状包括严重腹泻或慢性腹泻。腹泻大多时候是淡黄色或淡绿色的稀水样大便，大便不成形，有时候像蛋花汤的样子。
2、如果是感染了真菌大便就会呈泡沫样的稀水样便，大便里带血或脓液，同时伴有腥臭味。
3、如果是小肠胃黏膜糜烂活是小肠胃黏膜溃疡，可以引起多次的无臭味的，伴有粘液性的大便，有时候可以呈水泄样，并伴有消化不良的症状。