真菌性肠炎是由白色念珠菌、曲菌、毛霉菌等感染引起的一种肠道疾病。真菌性肠炎的发病原因比较复杂，需要到医院进行详细检查根据病情对症治疗。对于真菌性肠炎的治疗方法有以下几个方面：
1. 发病时应暂时禁止摄入食水隔离消化道，应进行静脉输液来补充身体所需要的水分及热量，以防止身体内环境的酸碱失衡和电解质紊乱，注意卧床休息积极的进行抗真菌的治疗。
2. 进行抗真菌治疗时可以根据病情服用药物进行治疗。如白色念珠菌性肠炎可以口服克霉唑、碘化钾饱和溶液等，毛霉菌性肠炎可以口服异菸肼，隐球菌性肠炎口服克霉唑、磺胺嘧啶等进行治疗。
3. 长时间使用抗生素之后真菌性肠炎会继发伪膜性的肠炎，患者要积极的治疗原发性疾病，不要随便乱用抗菌素同时要监测内环境指标的变化。若并发肠管的坏死、穿孔或弥漫性的腹膜炎，要及时的进行手术。
患者的免疫功能低下，免疫功能细胞受损导致吞噬细胞的数量会减少，杀菌能力下降，这是真菌性肠炎发病的主要原因。有真菌性肠炎的患者一定要到医院进行相应的治疗，不可私自乱用药物。另外平时要积极的锻炼身体，增强自身免疫力，多食用易消化、高维生素、高热量的食物，避免辛辣刺激的食物。