根据认知行为矫正原理，不适应的行为来源于某些认知上的障碍。因此，干预的重点应是改变儿童的思维和问题解决过程，以达到儿童行为和认知的变化。这种模式有两个基本的假设：首先，在干预过程中，儿童是一个主动的参与者，儿童的经验只能放在儿童认知能力的背景中去解释；其次，干预应与儿童现有的认知能力水平相一致。伯恩斯坦发现，自我指导训练更适合于同龄儿童中的具有较高智力的孩子。
从更广泛的角度看，岑国桢总结了认知行为矫正的四个理论假设，它们分别是：（1）认知活动对行为变化起中介作用，绝大多数适应不良的问题行为，都与相应起中介作用的失调的认知活动有关；（2）人类行为的交互决定论是该模式的理论基础；（3）个体的若干认知对行为矫正特别重要，这主要包括个体对自己生活事件的编码与分类、对行为结果的预期、对行为效能的预期等；（4）情感与认知、行为有密切联系，个体改变是其身心状态的整体改变。
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