遗传
有研究表明，大约有20%的唇裂胎儿是遗传所致，若是准爸妈的直系或旁系亲属中有类似的畸形发生，那么就要注意了，一定要做好四维彩超检查，提前做好心理准备及应对措施。
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病毒感染
孕期准妈妈出现呼吸道感染或者风疹等疾病，也是诱发胎儿唇裂的原因之一。这可能是病毒造成的遗传基因突变，也可能是在疾病治疗时用了激素或抗肿瘤药物、抗组胺的药物等所致。
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营养缺乏
怀孕期间，准妈妈因严重的呕吐、厌食、偏食等原因导致维生素A、E、叶酸、铁、钙等的缺乏也可能导致胎儿唇裂。有动物实验表现，给孕期小白鼠喂养缺乏维生素A、E的食物时，生出唇裂(腭裂)幼鼠的几率大。
因此准妈妈饮食一定要均衡营养，多注意各种维生素和营养物质的补充，不能挑食偏食。
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辐射影响
准妈妈在怀孕期间，尤其是孕早期时，接受过大剂量X线照射，也容易导致胎儿唇裂。