针灸可以治疗的病超过300种，对100余种疾病有较好的疗效，世界卫生组织就推荐43种疾病可应用针灸疗法。但一般来讲，国内患者到针灸科就诊的多以神经系统及骨关节疾病患者为主，如中风后遗症、面瘫、小儿脑瘫、颈椎病、肩周炎、腰椎病、各种痛证(头痛、各种神经痛、关节痛等)、运动伤、外伤(如颅脑外伤)和手术后遗症等。
其实针灸对诸如失眠等亚健康状态、神经衰弱、更年期综合征、胃脘痛、腹痛，甚至泄泻、便秘也有较好疗效，也常用于青少年近视、妇女月经不调、痛经、小儿遗尿等。
在特殊情况下，针灸还可用于中暑、虚脱、急性疼痛等急症。国内就规定医院急救车内必须配有针灸针，以便在抢救病人时用于刺人中穴。
在国内外针灸还广泛应用于减肥、戒烟、美容、延缓衰老等。