无论中医学还是太极拳，其防病治病、养生保健，最后都要落实在脏腑功能上。中医学中的脏腑经络学说是其核心部分，因为人是一个有机的整体，五脏六腑之间各有专司，又互相依存，相互制约、相互协调。而且在五脏与形体外窍之间，五脏与情志活动之间都有密切的联系。所以五脏之健康与脏腑之间生理功能的平衡协调，是维持人体内外环境相对恒定的关键所在。同时保持良好的情志状态又能稳定五脏六腑的正常活动。太极拳运动即利用动作导引、调息吐纳、神意锻炼等，对脏腑功能正常、内外关系协调来进行保健防病的。
中医学认为心主血脉、主神志，心血运行不畅、心血亏虚都可以影响心脏的功能。而太极拳讲以意导体、以体导气、气随意走，进而推动血液运行，也就是做到拳论中提到的“气遍周身不少滞”，另一方面静心养气，有利于心血的濡养和心神的安宁。据近代人研究，在练习太极拳时，圆活舒展的动作，全身肌肉有节奏的收缩弛张，使毛细血管反射性扩张使血液流畅，静脉回流增加，从而加速了血液循环，减轻了心脏负担，对人体和心脏都起到了保健作用。
中医学认为，脾主运化、胃主受纳、肝主流泄，三者的功能影响着正常的气机升降出入和人体的正常消化功能。太极拳通过中正安舒、起落展转的动作和开合鼓荡的内气配合，使胸、隔、腹、背、腰等处肌肉有规律、有节奏的收缩舒张，这种导引方法不但使内脏得到了"自我按摩"，同时也导引了气机的升降出入，从而调节了脾之运化，胃之受纳、肝之疏泄，别消化系统有防病治疗的作用。同时脾主肌肉，消化吸收正常了，肌肉骨骼的营养得到了补给，加之运动导引又可使肌肉及骨关节得到锻炼，从而使运动系统的疾痛得以康复。
中医学认为肺司呼吸、朝百脉，有宣发肃降功能。肺若有病则咳，多痰、呼吸不畅，宣肃功能失调，卫外功能减弱。太极拳运动首先要求“深、长、细、匀”地自然呼吸，进而要做到“气沉丹田”，这样可以锻炼呼吸肌，改进胸廓活动度，保持肺组织的弹性，使肺活量加大。太极拳要求“腹内松净气腾然”，这祥可能加大毛孔通气量、开发卫气，有利于肺之宣肃功能和肺朝百脉的作用。
中医学认为肾藏精、主水、主纳气，肾功能失调（主要是阴阳气血失调)，元阴元阳受损，影响人体生长、发育和生殖功能。肾主水功能失常则全身水液代射障碍。太极拳要求“刻刻留心在腰隙”，首先要动作导引对肾进行了“自我按摩”，运动后消化功能增强、新陈代谢加快，又通过气之吐纳修练，后天之本与宗气得到充分补充，进而也对肾中之元阴、元阳进行了补给，即所谓练后天补先天的作用。同时通过导引三焦气机升降出入加强，有利于肾蒸腾气化的主水功能。太极拳对气的养、蓄修练，本身就是对主纳气的修练。因此太极拳对中医所说的肾系病人，也能起到良好的体疗作用。
在中医经络学中分经脉、络脉、十二经筋、十二皮部，太极拳以通任督二脉为基础，要求“以气运身，如九曲珠无微不至”，又讲“运之于身、发之于毛”。故而通过太极拳的导引吐纳，自然而然地调节了经络气血，使之运行流畅无滞。这样可以消除经络气血盛衰不调，和经络气血逆乱阻滞等致病因素。练拳有年者可使气由经络－－经筋－－皮部，由里及表，由表至里无微不至。久而久之，可改善人体微循环和脏腑之间的联系，加快人体新陈代谢，从而达到身体健康的目的。
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