生物工程学院
该学院现有发酵工程、食品科学、生物化工3个硕士点和生物工程、食品科学2个省级重点学科，其中生物工程为湖北省品牌专业。有湖北省工业微生物重点实验室。
生物工程
培养目标：本专业培养从事生物技术与工程领域设计、生产、新技术研究、新产品开发的高级工程技术人才。
主干课程：微生物学、生物化学、生物工程设备、专业分析、生物工业下游技术、环境生物技术、微生物工程工艺原理、生物制药工艺学、酶工程、基因工程、细胞工程、生物产品工厂设计等。
食品科学与工程
培养目标：本专业培养具备食品科学与食品工程方面专业知识，能从事食品科学与工程领域里新产品研究与开发、生产管理与经济管理、产品质量检测与质量控制、工程设计等方面工作的高级工程技术人才。
主干课程：生物化学、微生物学、食品化学、食品工程原理、食品技术原理、食品工艺学、食品分析、食品工程设备、食品加工新技术、食品工厂设计与环境保护等。
制药工程
培养目标：本专业培养具备制药工程方面的专业知识，能在化学制药、生物药物、保健制品和精细化工等部门从事医药保健产品的生产、管理、研制开发、市场营销和质量检验等方面工作的高级工程技术人才。
主干课程：有机化学、物理化学、化工原理、生物化学、微生物学、药物合成、药物化学、制药工艺学、制药设备、药剂学、药理学、制药工厂设计和药物分析等。
生物技术
培养目标：本专业培养在科研系统、生产部门及各级院校从事生命科学研究、生物制药、生化产品等研究、开发和生产的高级工程技术人才。
主干课程：生物化学、微生物学、细胞生物学、生物工艺学、酶工程、基因工程、生命科学原理、生化技术、生物分离工程、核酸化学、免疫学、分子生物学、遗传学等