第一阶段为提供生源分布统计（模拟投档）。按规定，在闽高校的模拟投档比例一般不超过1∶1.05；省外高校一般不超过1∶1.1。原则上，省属高校的正式投档比例为1∶1；部属及省外高校的正式投档比例不超过1∶1.05。正式投档比例按照执行计划（即调整后的招生计划）测算。
第二阶段为常规志愿投档与录取。相应批次所有高等学校在规定时间内确定调整计划数和调档比例后，省高招办开始进行正式投档，按“高校负责、招办监督”的录取体制，由高校审录。录取结束后，省高招办及时向社会公布各高等学校实际招生计划数和最低录取分数。
第三阶段为征求志愿投档与录取。常规志愿录取结束后，省高招办及时将未完成的招生计划或者完成原执行计划后又追加计划的院校（包括最低录取分数线和特殊录取条件等）以及预科班招生计划向社会公布，面向未被录取的考生征求志愿。征求志愿时，所有考生均可填报相关院校的志愿；但投档时如属于已完成计划后又追加的招生计划，考生投档分必须高于相关院校常规录取时的最低分数方可被投档。
第四阶段为调剂志愿的投档与录取。征求志愿录取结束后，如个别院校仍未完成计划，则进行院校间调剂志愿的投档录取。调剂录取仍然是按照考生的投档分从高到低顺序进行投档。
第五阶段为降分录取。调剂志愿录取结束后，如仍有高校未完成招生计划，则由有关高校提出申请，经省招委会批准后可在相应批次录取控制分数线下20分（民办高职高专院校可在50分）以内降分录取征求志愿填报该高校的考生。