发烧超过三十九度一晚上对小孩子的伤害是比较大的。一是容易引起呼吸系统和大脑的感染，导致出现呼吸系统感染和脑膜炎的症状的出现。二是会影响身体各器官的发育，影响小孩的智力。高烧可以让大脑组织受到损伤，导致智力下降，也会导致其它的一些器官受到损伤。所以，出现三十九度以上高烧，一定要采取措施，比如物理降温，让孩子的体温降下来，时间长的话，一定要到医院治疗。
孩子发烧超过39度怎么办
1、要先对孩子进行物理降温，可以用温水擦拭孩子的身体的散热部位，主要是头部、腋下、颈部及背部，可以有一个快速的退烧的效果。
2、可以在医生的指导下服用退烧药，也能较快的控制住体温，在短时间内恢复到正常的状态。服药后要多喝开水。
3、让孩子不要穿太多穿衣服，室内温度不要太高，睡觉的时候，不要盖太厚的被子，以免不能及时散热而加重病情。
4、给宝宝喝多的白开水。可以补充体内的水分，也可以帮助排除代谢产生的毒素，同时，水分挥发时也可以带走体内的热量，有利于降温。
如果用了以上方法，孩子的体温还是没有降下来，那就要到医院做进一步的检查治疗，必要是要进行消炎。