东莨菪碱和山莨菪碱的区别是来源、化学结构、功效主治不同。
1、来源不同：东莨菪碱是由洋金花、颠茄、莨菪等植物提取；山莨菪碱是由茄科植物山莨菪提取，或人工合成制得。
2、化学结构不同：山莨菪碱结构中醇部分结合羟基；东莨菪碱结构中醇部分结合氧桥基团，东莨菪碱更易进入中枢神经系统；
3、功效主治不同：山莨菪碱的作用类似于阿托品，但作用较弱，可解除平滑肌痉挛、血管痉挛，改善微循环，解痉阵痛，但扩瞳和抑制腺体分泌作用较弱，很少引起中枢兴奋症状；
东莨菪碱为外周抗胆碱药，作用与阿托品相似，对肠道平滑肌的解痉作用较强，其散瞳及抑制腺体分泌作用比阿托品强，对呼吸中枢具兴奋作用，但对大脑皮质有明显的抑制作用，还有扩张毛细血管、改善微循环及抗晕船、晕车等作用。