双肾积水的治疗需要从病因上进行处理。
如果双肾积水是由于肾结石引起的，那么排石治疗放在第一位。如果是由于前列腺重度增生引起的，通常需要给予手术治疗。如果是前列腺肿瘤引起的，在没有转移的情况下，就采用手术治疗。
如果已经转移，那么可能得采用化疗或者是放疗。如果是妇科方面的肿瘤引起的，没转移那么就手术治疗，转移了也是可以放疗或者化疗。如果是由于腹膜后纤维化引起的，这种情况因为和免疫相关，所以主要是应用激素以及免疫抑制剂来治疗。当然，由于某些原因导致双肾积水的病因暂时无法根除，那么可以在输尿管内放入DJ管来暂时的缓解肾积水症状。