如果乙肝小三阳患者出现了肝功能转酶的增高，乙肝病毒载量的异常，达到抗病毒治疗指针时可以及时抗病毒治疗。
抗病毒治疗方案，目前在临床上可以选用口服核苷类似物抗病毒治疗，包括替诺福韦，替比夫定，恩替卡韦等抗病毒药物，药物抑制病毒效果明显，副作用较小，但是只能长期抑制病毒，并不能清除病毒，需要长期服药，不可以停药，部分患者长期用药以后可能会出现耐药的问题。
药除了口服抗病毒治疗以外，还可以选择干扰素抗病毒治疗，干扰素抗病毒治疗，其有效率偏低，临床仅有30%至40%的患者在经过干扰素治疗一年至一年半以后，可以达到病毒清除的效果，但是干扰素治疗副作用多，并且治疗费用昂贵，另外，治愈有效的患者在数年后仍然可能会面临乙肝病毒复制活动的风险。