在甲状腺三种主要的抗体中，抗甲状腺过氧化物酶抗体和抗甲状腺球蛋白抗体，这两种抗体持续存在，是维持自身免疫性炎症，疾病呈慢性特征的关键因素，是自身免疫性甲状腺炎的重要诊断指标，对于甲状腺炎、甲状腺结节、甲状腺癌、甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退症等都有一定的检测价值。
抗甲状腺过氧化物酶抗体和抗甲状腺球蛋白抗体高，代表着患者自身的免疫系统出现了紊乱，导致这两种抗体被错误地生产过多，与甲状腺细胞产生严重的对抗。
抗甲状腺过氧化物酶抗体(TPOAb)、抗甲状腺球蛋白抗体(TgAb)阳性是确定原发性甲状腺功能减退症病因的重要指标。甲状腺过氧化物酶抗体增高，甲状腺功能中促甲状腺激素增高，甲状腺激素减低等考虑存在自身免疫性甲状腺功能减退症。甲状腺功能减退症是由于甲状腺激素合成及分泌减少导致机体代谢降低的一种内分泌疾病，根据病因、临床表现甲状腺功能检查等即可做出诊断。
抗甲状腺球蛋白抗体与抗甲状腺过氧化物酶抗体有所不同，抗甲状腺球蛋白抗体的升高是比较难以追溯原因的，导致抗甲状腺球蛋白抗体升高的原因并不是单一的，很多情况都存在导致抗甲状腺球蛋白抗体升高可能。如果要根据抗甲状腺球蛋白抗体进行判断的话，需要结合甲状腺功能，以及B超等综合检查方式判断。
另外，还有一些非疾病原因，比如自身免疫力降低，或者服用某些药物可以出现甲状腺过氧化物酶抗体和抗甲状腺球蛋白抗体高的情况，如转移因子、薄芝糖肽等。所以，在两种抗体升高的情况下，仍需检查甲状腺激素的情况后，再综合判断，建议在定期检查以及综合治疗的情况下，注意饮食，避免食用含碘量高的食物。