癌胚抗原是一种特殊的抗原，与绝大部分抗原有本质的区别。癌胚抗原是人体自然分泌的抗原之一，由有55%的蛋白质与45%的碳水化合物结合而成。这种抗原自胚胎发育两个月开始逐渐分泌，如果说癌胚抗原是对身体有害的一种物质，那脆弱的胚胎根本无法承受。因此，从原理上来讲，癌胚抗原对人身体是没有害处的。
癌胚抗原不但对身体无害，反而会刺激身机体产生抑制癌细胞活性的抗体。癌胚抗原是一种广谱抗原，可以对大多数癌症都产生一定的抗体。虽然这种抗体对抑制癌细胞生长的效果较差，但也可从一定程度上减缓癌细胞恶化速度。如果人体内癌胚抗原指数过低，反而会使身体丧失部分对癌症的抗性，对身体是不利的。
在医学上，癌胚抗原多作为一种标志物存在，借助广谱特性对几十种癌症都可以起到较好的阳性反应。尤其是对于中后期的癌症患者来说，癌胚抗原对衡量治疗效果，判断恢复程度有非常关键的作用，对部分癌症的阳性反应甚至可高达90%以上。对于结肠癌来说，癌胚抗原是目前精度最高的标志物。
癌胚抗原可用于推测癌细胞的活性，预测肿瘤发展程度，但癌胚抗原指数对确诊癌症无法起到决定性作用。也就是说，无论癌胚抗原指数达到什么样的高度或降低到什么样的标准，都不会对癌症的确诊起到决定性作用。而如果检测癌胚抗原指数过低，那它就失去了对癌细胞的敏感性，无法起到标志物的作用。
能够对癌胚抗原产生影响的因素很多，因此在衡量癌胚抗原标准时，是依靠理论数据计算得出的。只要患者癌胚抗原水平处于标准范围内，就可以排除某些癌症因素影响。在标准范围内，数值高或低对预测精准度不存在任何影响。