打流脑疫苗后发烧到39度，应该在医生的建议下服用退烧药。人体的正常温度在36度到37度左右，一旦超过38.5以上就属于高烧症状，所以可以先使用酒精擦拭身体或冷敷额头的方式进行降温，如果在服用退烧药后有明显的温度下降趋势，可以先行观察，平时多喝水即可。但如果物理降温的方法没有用，就需要及时去医院检查，否则很容易造成大脑神经的损伤。
发烧后的治疗
1、多喝热水。在发烧后可以先服用退烧药，其次应该多喝大量的热水，不要接触凉水，否则冰凉的水会刺激到肠胃，加重病情。而且多喝热水也可以保持身体的新陈代谢功能加强，对于病情的恢复是有好处的。
2、注射药物。如果使用退烧药后仍然不见起效，就需要及时去往医院注射抗生素进行治疗，如果身体内部有炎症的出现，是很容易导致发烧迹象的出现，而且不易退烧，所以在治疗后也要对身体内部进行检查。
流脑疫苗的作用
流脑疫苗的注射人群主要是对于儿童，因为儿童的免疫能力比较差，对于外界细菌的侵入是很容易成为宿主的。所以可以注射流脑疫苗对于脑膜炎的出现可以有效的预防，保持儿童脑功能的正常。