溃疡性结肠炎病变主要局限于大肠黏膜与黏膜下层，呈连续性弥漫分布，病变自直肠开始，逆行向近段发展，可累及全结肠甚至末端回肠。在活动期时，结肠黏膜固有层内弥漫性中性粒细胞、淋巴细胞、浆细胞、嗜酸性粒细胞浸润，可见黏膜糜烂、溃疡、隐窝炎。慢性期时，隐窝结构紊乱、腺体萎缩变形，排列紊乱，数目减少、杯状细胞减少，出现潘氏细胞化生及炎性息肉。
溃疡性结肠炎的临床表现
1、除了少数急性起病的患者外，全身起病缓慢，病情轻重不一。腹泻是主要症状，排泄的粪便中含有脓血和黏液，常伴有阵发性绞痛和痉挛疼痛，并反复发作，可在排便后缓解。
2、轻症患者症状较轻，每天腹泻不到5次。严重腹泻一天5次以上。是水样腹泻或血便。它有严重的腹痛和发烧症状。体温可超过38.5℃，脉搏每分钟90次以上。
3、暴发型很少见。发病急，发展快，腹泻量大，血便频繁。体温可升高至40℃，严重者有全身中毒症状。病久不愈，可出现消瘦、贫血、营养障碍、乏力等。
4、部分患者有肠外表现，如结节性红斑、虹膜炎、慢性活动性肝炎、胆管炎等。