脑干脑炎的诊断标准主要有以下几点：
1、临床表现：单侧或双侧脑干受损的症状、体征，比如意识障碍、脑膜刺激征，有些病人可能出现颈部肌肉以及肩胛肌弛缓性瘫痪，以致头下垂及手臂不能上举等。部分患者还可出现头痛、发热、恶心、呕吐、乏力、心烦气躁、不安以及嗜睡等全身症状，少部分可发展为昏迷不醒、出血疹等。
2、病史：多有上呼吸道感染、肠道感染等前驱感染史。
3、腰椎穿刺以及脑脊液检查：脑脊液检查改变常不明显，颅内压可正常、增高、降低，取决于脑水肿情况。脑脊液压力高于1.76kPa（正常人的脑脊液压力卧位为0.78~1.76kPa，儿童为0.4~1.0kPa）。白细胞数正常或轻度升高（不明显），糖及氯化物多正常。
4、影像学检查：MRI（磁共振成像）多可发现病灶（稍长T1长T2信号），增强多无强化或轻度强化，FLAIR序列（反转恢复序列）、DW序列呈高信号，病变多呈双侧对称分布，病变部位以脑桥和中脑多见，也可见于延髓。