穿刺部位不同
绒毛穿刺：对胎盘进行穿刺，是用穿刺针穿过孕妇的腹壁刺入宫腔吸出少许绒毛进行检查。
羊水穿刺：是经腹壁穿刺抽取羊水后，培养羊水细胞，收获羊水细胞，从而进行下一步培养。
2穿刺时间不同
绒毛穿刺：主要是在孕早期进行，最佳检查时间为孕11周-14周。
羊水穿刺：主要在孕中期进行，最佳检查时间为孕16周-20周。孕后期也可以检查，但风险更高。
3穿刺风险不同
绒毛穿刺：对胎儿的影响较小，但还是存在感染的风险，几率大概是0.1%-0.5%。
羊水穿刺：存在着0.5%流产、感染的风险，极个别的会细胞培养失败，须改做其他检查或重新穿刺。
4绒毛穿刺和羊水穿刺哪个更安全
绒毛穿刺更安全。
绒毛穿刺是对胎盘进行穿刺，穿刺针不进入胎儿生活的环境-羊膜腔，所以，对胎儿基本没有影响。而羊水穿刺是要抽取羊水，需要进入羊膜腔，流产或感染的风险相对会高些。因此，孕期做绒毛穿刺会更安全。