胚胎停育是指妊娠早期胚胎因某种原因所致发育停止。B超检查表现为妊娠囊内胎芽或胎儿形态不整，无胎心搏动，或表现为妊娠囊枯萎。临床属于流产或死胎的范畴。造成胚胎停育的原因很多。
精子问题
环境污染、食品安全以及辐射等因素正在损害着男人的精子，造成流产男人急剧增加。精子DNA碎片化检测这些新兴技术推广进程却非常缓慢，精子核内的染色体承载着人类个体的遗传密码，当人类精子与卵子结合形成受精卵时，精子即将核内的遗传信息传递给子代，保证胚胎发育。因此，精子染色体畸变或精子核不成熟，均可导致胚胎发育异常或终止，是造成女性流产的最常见的男方因素。精子DNA碎片化检测是评价精子核功能状况的最新方法之一。因此一般建议胎停后首先排查男方原因，检查男方的精子畸形率以及精子DNA碎片率（简称DFI，也就是精子DNA碎片化检测）。
内分泌失调
胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产。胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是人绒毛膜促性腺激素，作为母体来讲，自身的内源性激素不足，就满足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流产。其中最常见的是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。黄体功能不全者常伴有其他腺体功能异常，如甲状腺功能亢进或减退、糖尿病、雄激素相对增多症及高泌乳素血症等，这些因素均不利于胚胎发育，与流产密切相关。
免疫因素
妊娠宫内的胚胎或胎儿实属同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体和母体不可能完全相同。母--胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。常见的自身免疫疾病为系统性红斑狼疮、硬皮病、混合性结缔组织病、皮肌炎等。其二是生殖免疫的问题，如果我们自身带某种抗体，就有可能影响胚胎的发育。实际上抗体的检测每个医院是不太一样的，医生的观点也不太一样，从我们研究的角度来说，认为影响因素有四个，一个是抗精子抗体，如果要有的话，有可能会抵制精卵结合；第二，是抗子宫内膜抗体，如果存在抗子宫内膜抗体的话，有可能会影响胚胎的发育，抵制胚胎的发育；第三是抗卵巢抗体，如果要有，会影响卵子的质量；第四是叫抗绒毛膜促性腺激素抗体，这个激素实际是精卵结合之后七天就要分泌的一个重要的激素，但是如果自身有这种抗体的话，就会抵制激素的分泌，就有可能造成胚胎的停育。