王在晋，是明朝的官员，万历年间中进士，此后入朝为官。天启年间参与修撰《三朝要典》，因此在魏忠贤等阉党遭到清算的时候，被牵连在内问罪。
王在晋生年不详，去世于公元1643年，是江苏太仓人氏，字明初，号岵云。万历二十二年进士及第，后授中书舍人职位，历官江西布政使、山东巡抚。泰昌年间，迁兵部左侍郎。
熊廷弼和王华贞，因为丢失广宁，而受到皇帝问罪诛杀，王在晋于是在天启二年，代熊廷弼成为兵部尚书兼右副都御使。朝廷对王在晋寄予厚望，天启帝特别赐给他蟒玉、衣带和尚方宝剑，让他在经略辽东、蓟镇、天津、登、莱之时便宜行事。
当时辽东一带的形势非常严峻，王在晋在亲自视察之后分析，广宁失去之后，已经无局可布。朝廷兵力归缩于山海关之内，已经无一步可退。后来他接受蓟辽总督王象乾的建议，放弃收复广宁改而“重关设险，卫山海，以卫京师”。
广宁虽然是战略要地，按时再失去清、抚、开、铁、辽、沈之地后，算是孤岛。就算夺回来之后，也守不了多久，反而是个累赘，倒不如放弃。他建议：“画地筑墙，建台结寨，造营房，设公馆，分兵列燧，守望相助。”又言：“高岭有乘墉之势，斗城如锅底之形。昔武侯云地势兵者之助也，不知战地而求胜者，未之有也。奴有战地，而我无守地。山海一关不过通夷贡夷之道，严远戍之防有两河为保障，何夷虏之足忧。而今且以为冲边绝塞，此岂有形之天堑，成不拔之金汤者哉。臣与同事诸臣谋之，有欲筑敌楼，先居高山、高岭者。夫敌楼孤峙，能击远不能击近，倘为贼所乘，则益助其凭高博击，而我失其所控御矣。”
王在晋把山海关看的十分重要，要进一步谋进，必须依托山海关作为保障。在山海关成为保障的情况下，一步步的慢慢图谋前进，“必有复全辽之力量，而后可复广宁，必有灭奴之力量，而后可复全辽。不然启无巳之争，遗不了之局，而竭难继之供，不可不虑。”
王在晋那个时候，山海关还不能承担起边防第一关的重要作用。王在晋虽然有那样的想法和决策，但是山海关整座城市还存在着很多问题。早些年的上海关只是“通夷贡夷之道”，防范敌人远在关外的堡垒。要将山海关当作凭仗，就必须重新修建一座新城。而这座新城要修成一道铁城，负担起军事要塞的任务。
兵部尚书张鹤鸣为视师辽东复命时说：“自辽患以来，经略死难系狱，累累匪一……今日经略，难于前日之经略万备矣。王在晋铁骨赤心，雄才远略，识见如照烛观火，肩重如迎刃理丝，但秉正不阿，人醉独醒，独臣于在晋两人耳。”
“臣核道、镇估工计费，谓湏银百万，盖并造衙舍、筑铳台、建营房之费尽入估数。”王在晋算了一下重修新城的资金，上奏朝廷。朝廷只拨了二十万两给他，此事难矣。
当时袁崇焕和孙承宗等人，都反对王在晋的主张。朝廷不知道边关情形，于是孙承宗自请到山海关视察。回朝之后，孙承宗上奏说王在晋不足以担当大任，于是王在晋就被调回，改任南京吏部尚书。
王在晋调走之后，孙承宗亲自督师，将徐建的重点放在宁锦两地，大力扩军备战，“破格用人，以期实用，图复建骠骑之功”。
王在晋任南京吏部尚书不久，改任兵部，崇祯元年又为刑部尚书，又迁兵部。后来因为牵连到张庆臻改敕书事自己中被削籍归乡，后来在家乡去世。