急性菌痢属中医“湿热痢”或“疫毒痢”(急性中毒性菌痢)的范畴。用灌肠方法治疗有较好的效果：
加味白头翁汤：白头翁30克，黄连15克，黄柏10克，秦皮10克，焦山楂30克，白芍15克，广木香10克。水煎取液200毫升，分2次作保留灌肠，早晚各1次。功能：清热解毒，适用于急性热痢。
白头翁苦参汤：白头翁、苦参各50克，金银花；黄柏、滑石各30克，加水浓煎成200毫升药液，先给患者作清洁灌肠后，再以药液保留灌肠。灌肠后静卧休息，每日1次，连用3次。功能：清热利湿解毒。适用于湿热痢、疫毒痢。
三黄锡类液：黄连15克，黄柏20克，黄芩15克，加水600毫升，煎取药汁150毫升，于药液中加入锡类散15克，调匀后作保留灌肠，每同1次。
丝瓜根黄连煎剂：丝瓜根100克，黄连30克，水煎取液100毫升保留灌肠。
鲜马齿苋汤：鲜马齿苋500克，捣烂取药汁，冲入100毫升温开水，保留灌肠。配合马齿苋100克，水煎服，效果更好。