郑钦安有“万病一元论”：“总而言之，万病起于一元伤损”(《医法圆通·卷二》)。强调万病皆因元阳受损引起：“外感内伤，皆本此一元有损耳。”“病有万端，亦非数十条可尽，学者即在这点元气上探求盈虚出入消息，虽千万病情，亦不能出其范围”(《医法圆通·卷三》)。“总而言之，元阳为本，诸阴阳为标”(《医法圆通·卷二·敬云樵批语》)。
既然万病“皆本此一元有损”，那么顺理成章，治疗就应从扶助元阳着眼，由此，他提出一个重要的治疗大法，即“治之但扶其真元”。
“此处下手，便是高一着法。”
反之，若头痛医头，见症治症，跟着症状跑，用方愈多而旨归愈乱，疗效反而更差。
“至于受病，浅深各有旨归。然分类以治之，未始不当，但方愈多而旨愈乱，若不再行推醒，拈出旨归，将来后学无从下手。当今之际，谁非见肿治肿，见胀消胀者哉?”
(《医法圆通·卷二》)“名目愈多，旨归即晦。今为之总其大纲，括以阴阳两字为主，余不足录。”
“总之，病情变化非一二端能尽，其实万变万化，不越阴阳两法。若欲逐经、逐脏、逐腑论之，旨多反悔，诚不若少之为愈也”(《医法圆通·卷一》)。
他以中风为例，突出表达了这种观点：“众人皆作中风治之，专主祛风化痰不效。
予经手专主先天真阳衰损，在此下手，兼看何部病情独现，用药即在此攸分。要知人之所以奉生而不死者，恃此先天一点真气耳。真气衰于何部，内邪外邪即在此处窃发。
治之但扶其真元，内外两邪皆能绝灭，是不治邪而实以治邪，未治风而实以祛风，握要之法也”
(《医理真传·卷二》)。也就是说，并非见风祛风，见痰化痰，而是“专主先天真阳衰损，在此下手”，“治之但扶其真元”。
又如治肠鸣泄泻：“凡久病与素秉不足之人，有肠鸣如雷、泄泻不止者，此乃命门火衰，脏寒之极，急宜大剂回阳。若以利水之药治之，必不见效。予曾经验多人”(《医法圆通·卷二》)。总之，“不必多求妙方，总以大温大甘、收固元气为要”(《医法圆通·卷二》)。
再如癫痫二证，“缘由先天真阳不运，寒痰阻塞也”。“以予所论，真气衰为二病之本，痰阻是二病之因，治二证贵宜峻补元阳，元阳鼓动阴邪，痰湿立消，何癫痫之有乎?”
(《医理真传·卷四》)与通常化痰潜镇治法确实不同。
外科疮证，“无论发于何部，其疮痛如刀劈，忽然红肿，其色虽红，多含青色，人必困倦无神，脉必浮大中空，或大如绳，或劲如石，其唇口舌必青黑。务在脉息、声音、颜色四处搜求，始能识此等证候，切勿专在疮上讲究…若视为寻常之疮治之，则速其死矣”。
举一反三，可悟郑氏推崇扶阳思想的真谛，即并非头痛医头，脚痛医脚的对症下药，而是“治之但扶其真元”，此乃“握要之法”。通俗些说，即摒弃对症用药，专用附子、干姜四逆辈扶阳，敬云樵解释说：“惟有用姜、附以养帅，帅如能振，气即随之而号令，庶几中与，可冀此炼石补天之技，出人头地之医”(《医法圆通·卷二》)。