在实施平行志愿录取方式中，往往涉及一些操作上的问题，如同分考生投档次序设计，以及与自主招生的协同衔接等。这些问题关系到考生自主择校、高校自主办学等深层次体制的层面。
首先，同分考生如何排序，是一个关键性设计问题。平行志愿投档录取按照“分数优先”原则进行排序，那么同一高考总分的考生又该如何投档呢？谁排在前谁排在后？其依据是什么？对此必须事先有明确规定。但按照什么原则和程序规定，本身也要有章法。
其次，平行志愿方式与已有的自主招生办法如何协同衔接，也是一个涉及改革方向性的操作问题。近年来，有些高校有一定比例的自主招生权限，这是一个适应高等教育体制改革的举措。现在推行平行志愿招生办法，如何在操作层面与此举措相衔接，应该好好地研究解决。对于实施自主招生的高校，如果某考生已经被录取，通常意味着可以以较低成绩进入该高校，那么他在填报志愿时应该作何处置？能否将该校放在最后一个作为兜底志愿考虑呢？在实施中，许多院校要求考生必须将自主招生专业作为第一志愿来填报。究竟怎样要求，相关招生院校都应明确态度、公开信息并给出相关规定。
另外，对于退档考生应该如何处理？按照平行志愿方式投档录取，如果要减少考生风险，就必须减少高校自主选择权限，将原来120%投档比例大幅调低(如上海降到105%)，能控制到100%。否则，如果高校提档又退档，考生填报的其他志愿很可能就作废了，如果参加该批次补录不上，就会有相当比例和数量的考生仍会面临“高分低就”或“高分落榜”的风险。但是，这样一来，高校自主选择生源的空间和余地就会变小，这个问题需要积极探索解决。
归根结底，实行以分数优先为要则的平行志愿方式，如何在操作层面通过巧妙设计，使得平行志愿方式既能保障考生平等权益，也给高校留下充分的自主选择空间，还不损害公平竞争机制，这确实具有很大挑战性。