应该注意的是，平行志愿只是投档录取方式的改变，其本身不可能化解填报高考志愿的固有风险，而且还带来了一些新的潜在风险。
归纳起来，考生填报平行志愿时仍然要面临3种风险：一是投档退档风险，各批次招生院校在录取时是按各自招生规模分别设置一定的投档比例，只要院校调档比例大于其计划招生数，必然有相应比例数量的考生自然落榜；二是志愿填报风险，若考生在填报时没有客观审视自身实力，填报志愿偏高或没有梯度等，也可能高分落榜；三是专业调剂风险，若考生在各校专业填报上不愿意调剂志愿，这样也将面临退档。
可以说，平行志愿方式是一把双刃剑，在化解一些风险的同时又带来一系列其他风险。填报方式的改变使平时及模考成绩不佳，但高考发挥很好者，也可以大胆地“跳起来摘桃子”，与那些平时及模考成绩较好者竞争。也就是说，对于平时成绩不好而高考发挥很好的同学，平行志愿方式可以增加其进入好学校的机会；而对于平时成绩较好的同学，平行志愿方式不一定帮助他们进入更好的学校。换句话说，平行志愿方式可以减少高分落榜的风险，但对于成绩中上等的考生来说则没有什么明显好处。由于选择高校的填报风险降低了，更多考生会选择北大、清华等大学来试一试，这样，对于平时成绩较好但临场发挥一般的考生来说，在竞争大学时，平行志愿招生办法降低了他们的被录取几率，可能使他们陷于不利境地。可见，平行志愿方式对于那些中高端考生来说不应盲目乐观。
此外，初次实行平行志愿方式存在“信息成本”问题，考生在填报志愿时由于没有历史数据参照，其操作难度和风险加大。在没有实施平行志愿方式时，考生填报志愿一般依据自己在省、区、市考生中的排名，以及在拟填报高校过去年份录取底线考生的层次，但在实施平行志愿方式的头一年，后者失去了参照价值，考生填报志愿时可能会感到茫然而无所适从。再加上投档被退档、是否服从专业调剂以及身体条件等一系列不确定因素，以及填报的志愿高校和专业信息不对称、不完全等原因，这都会使高考志愿填报更加复杂和困难，面临诸多难以把握的不确定性和风险，对此我们要有清醒认识。