机电工程系设有工程机械运用与维护、机电一体化、模具设计与制造、供热通风与空调工程技术、港口物流设备与自动控制五个专业，以及双专业——工程机械运用与维护/道路桥梁工程技术、中加合作——模具设计与制造专业，全日制在校生约1043人。其中，工程机械运用与维护专业为高等职业院校示范性建设的院级试点专业。
系部拥有一支教学和实践经验丰富、踏实肯干、结构合理的双师素质教学团队。现有专任教师20人，实验教师9人，教辅和学工人员7人。其中，博士生2人，研究生14人；高级职称7人，中级职称12人；国家职业技能鉴定考评员5人（3人为高级考评员），工程师2人，高级工程师2人。此外，长期聘请了数十位企业中的高级技术和管理人员作为专业建设的顾问或教师，为学生上课或开办讲座。
2005年，学院投资1500多万院建成机电综合教学楼，建筑面积11000平方米，设备资产总额约600万元。校内实训基地有：先进加工技术 机加工中心、钳工实训室、电气焊实训室、2个CAD/CAM实训室、PLC实验室、中央空调仿真实训室、工程机械整车维修车间、液压实验室（院级示范性实验室）、喷油泵实训室、底盘实训室、传感器实训室、工程机械电器实训室、发动机实训室、金相与热处理实验室，为学生提供了有力的实践训练保障。
在办学同时，系部积极与企事业单位开展校企合作，先后与利星行（昆山）有限公司、江宇集团景山公司（紧密型实训基地）、南京多伦科技有限公司、常州新墅机床数控设备有限公司、南京元创集团、江苏天和工程机械有限公司、南京星乔汽车零部件有限公司、苏州嘉天利工程设备有限公司以及省内各地市的交通工程公司建立了长期合作关系，为学生提供了稳定的校外实习基地。
经省劳动和社会保障厅批准，我系设有工程机械操作工、工程机械维修工、制冷设备维修工、加工中心操作工、数控铣床操作工、数控车床操作工、模具钳工、CAD二维绘图师和三维实体造型师等多个考核工种。各专业实行“双证”制，学生通过在校的理论学习和技能培训，毕业时至少获得一个以上工种的职业资格。
系部在办学过程中，坚决贯彻高等职业教育的办学宗旨“以服务为宗旨，以就业为导向，以培养学生职业能力为本位”。针对毕业生多在机械制造、维修和装配企业以及工程现场就业，在教学实践和改革中，强调学生实践技能的培养，同时兼顾学生的职业可持续发展和综合素质的提高，培养的毕业生普遍受到用人单位的好评。