无痛肠镜对人体一般比较安全，但有时也有一定的伤害，可能会造成胃肠黏膜受损、存在麻醉风险等。
1、胃肠黏膜受损：在进行无痛肠镜的过程中， 如果医生操作不当，或者由于患者的肠道操作困难（肥胖、消瘦体型，有过腹部手术史），可能会刺激胃肠道黏膜，甚至导致胃肠道黏膜被破坏，严重时会导致出血、肠穿孔等症状，对人体健康不利。
2、存在麻醉风险：无痛肠镜麻醉后，易过敏体质者可能会对药物过敏，会造成过敏性休克。部分有禁忌症的患者可能会出现窒息、血压下降、喉痉挛、脑梗死、心脏骤停等症状，会对患者的生命健康造成威胁。无痛肠镜过程中的不良反应一般是可控的，发生概率极低。
建议患者要选择正规的医院，肠镜检查前要积极配合医生做好麻醉评估，减少风险。