暂无科学依据可表明存在灭活疫苗最可怕的缺点。无论是灭活疫苗、减毒疫苗、腺病毒疫苗等，均有各自的优缺点。灭活疫苗的缺点主要有免疫时限短、不良反应、多次接种。
1、免疫时限短：灭活疫苗进入人体并激发体内产生抗体，从而达到免疫保护的效果，但产生的抗体会随时间会慢慢消失，所以需要再次加强接种才起到延长免疫的效果。
2、不良反应：常见的不良反应为发热、乏力、头痛、接种部位疼痛或肿胀等，这不是灭活疫苗特有的不良反应，其他疫苗也同样存在上述不良反应。
3、多次接种：灭活疫苗由于在制作过程中，可能会降低其免疫原性，所以需要多次接种，初次接种后只启动初始化免疫，对于免疫保护作用不强，需要接种两针甚至三针以上，才能产生很好的保护作用。