灌肠要多久才能排干净大便是不确定的，灌肠一般要15~30分钟才能排便，但是一次灌肠并不一定能完全排干净大便，完全排净大便需要多次灌肠，所需时间约为3~4个小时。
灌肠是利用导管从肛门、经过直肠、插入结肠灌注液体，当体内液体达到一定量后，能刺激肠道蠕动，使人体有排便欲望，而且液体会和粪便混合，能软化粪便，能达到解除便秘的目的。一般灌注液体后，如果便秘不是很严重，在15分钟左右可以排泄。如果大便较干结、量较多，则需要30分钟左右才能排便。
一次灌肠可能只清洗到接近肛门的部分肠道，会导致肠道内容物排不干净。如果想要完全排空肠道粪便，一般需要进行3次左右的灌肠，大概需要花费3个小时左右。而判断灌肠是否排泄干净，需要根据是否排出无食物残渣和粪渣的稀水样粪便来判断。
不建议经常灌肠，否则容易引起电解质紊乱，对人体健康不利。